Arrêt maladie d'un dirigeant ou d'un indépendant : ce que la Sécurité sociale verse vraiment, et comment éviter le trou de revenu

Quand un salarié tombe malade, trois filets se superposent : les indemnités de la Sécurité sociale, le maintien de salaire de l'employeur et, souvent, une prévoyance collective. Quand c'est le dirigeant qui s'arrête, il n'y a presque toujours qu'un seul filet : celui de son régime obligatoire. Or ce filet est plus étroit qu'on ne le croit, et sa largeur dépend d'un point que l'on ne regarde jamais avant d'en avoir besoin : le statut sous lequel on exerce.

Cet article remet les mécanismes à plat : qui paie, combien, pendant combien de temps, à quel moment la couverture s'interrompt, et comment la prévoyance vient (ou non) combler l'écart. Il s'en tient aux règles de fonctionnement, qui changent peu, et renvoie aux organismes officiels pour les montants, qui sont revalorisés régulièrement.

L'essentiel en cinq points

• Le statut commande tout. Un artisan, un commerçant, un professionnel libéral, un gérant majoritaire ou un président de SAS ne sont pas indemnisés par la même caisse, ni selon les mêmes règles.
• Les indemnités journalières sont calculées à partir d'un sept-cent-trentième du revenu d'activité annuel moyen des trois dernières années civiles. Le diviseur est 730, pas 365 : une année complète d'indemnités représente donc au mieux la moitié du revenu, avant les plafonds.
• Il y a toujours un délai de carence de trois jours : aucune indemnité n'est versée pendant les trois premiers jours d'un arrêt.
• Pour les professions libérales, l'Assurance maladie indemnise du 4e au 90e jour. Au-delà, tout dépend de la caisse professionnelle : certaines prennent le relais, d'autres non.
• La prévoyance, notamment avec la déduction fiscale prévue par la loi Madelin, sert à combler cet écart, mais seule la lecture des clauses (franchise, durée, forfaitaire ou indemnitaire) dit ce qu'elle vaudra le jour du sinistre.

Sommaire

1. Votre statut décide de qui vous indemnise
2. La formule des indemnités journalières
3. Les professions libérales : la ligne des 90 jours
4. Artisans, commerçants et gérants majoritaires : une durée limitée et un plafond bas
5. Les dirigeants assimilés salariés
6. Ce que cela donne en euros : deux situations types
7. Quand l'arrêt dure : invalidité et accidents du travail
8. Combler l'écart : ce que doit couvrir une prévoyance
9. La déduction Madelin : ce qu'elle fait et ce qu'elle ne fait pas
10. Six erreurs fréquentes
11. Questions fréquentes

1. Votre statut décide de qui vous indemnise

On parle de « dirigeant » comme d'une catégorie unique. Pour la protection sociale, il y en a deux, et la frontière ne suit pas toujours l'intuition.

Les travailleurs non salariés (TNS) relèvent du régime des indépendants. Sont dans ce cas les artisans et commerçants, les professionnels libéraux, mais aussi les gérants majoritaires de SARL, d'EURL ou de SNC. La règle est connue : un gérant qui détient, seul ou avec certains proches, plus de la moitié du capital est TNS, même si sa société est soumise à l'impôt sur les sociétés. À l'inverse, les présidents de SAS et de SASU, ainsi que les gérants minoritaires ou égalitaires de SARL, sont assimilés salariés et dépendent du régime général.

Un point de méthode : vérifiez dans votre espace en ligne de quelle caisse vous relevez réellement. Pour un gérant majoritaire, c'est l'activité de la société qui détermine le régime, et deux gérants de SARL peuvent ne pas être couverts de la même façon.

2. La formule des indemnités journalières

Les règles de calcul des indépendants tiennent en quelques lignes, et ce sont elles qui expliquent presque tous les mauvais calculs que l'on voit circuler.

L'indemnité journalière est égale à 1/730e du revenu d'activité annuel moyen des trois années civiles qui précèdent l'arrêt. Le revenu pris en compte est plafonné : à un plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS) pour les artisans et commerçants, à trois PASS pour les professions libérales. Il existe aussi un seuil plancher : pour les artisans et commerçants, l'indemnité est nulle si le revenu moyen est inférieur à 10 % de la moyenne des PASS des trois années considérées. Dans les deux cas, il faut justifier d'au moins douze mois d'affiliation continue, avoir un arrêt prescrit par un médecin et avoir réellement cessé son activité.

Ce diviseur de 730 correspond à deux années de 365 jours. Il a une conséquence simple : si l'on était indemnisé tous les jours de l'année, on toucherait la moitié du revenu d'activité moyen, et ce avant les plafonds. C'est la première raison pour laquelle l'indemnité surprend : elle représente un peu moins de la moitié du revenu, et elle est elle-même soumise à la CSG et à la CRDS, puis, hors affection de longue durée exonérante, à l'impôt sur le revenu.

Trois autres règles méritent d'être connues :

• Le délai de carence est de trois jours au début de chaque arrêt. Il n'est pas appliqué à nouveau en cas de prolongation après une reprise de 48 heures au plus, et, pour une affection de longue durée, il n'est retenu qu'une seule fois sur une période de trois ans.
• Les plafonds sont des plafonds, pas des montants courants. Le montant maximal de l'indemnité d'un libéral suppose un revenu moyen au moins égal à trois PASS. En dessous, l'indemnité est strictement proportionnelle au revenu.
• Le revenu retenu est celui des trois dernières années civiles, pas celui de l'année en cours : un dirigeant dont l'activité vient de décoller est indemnisé sur la base d'une période où il gagnait moins.

3. Les professions libérales : la ligne des 90 jours

Depuis la réforme entrée en vigueur le 1er juillet 2021, tous les professionnels libéraux, y compris les médecins et les paramédicaux, relèvent d'un régime d'indemnités journalières de l'Assurance maladie pour les trois premiers mois d'arrêt. Le dispositif est financé par une cotisation dédiée collectée par l'Urssaf. L'arrêt est indemnisé du 4e au 90e jour, soit 87 jours indemnisés après les trois jours de carence.

Ce que l'on oublie : cette réforme n'a rien changé après le 90e jour. La caisse professionnelle conserve son rôle propre, et ce rôle varie fortement d'une profession à l'autre.

Pour un consultant ou un formateur affilié à la CIPAV, la conséquence est nette : l'indemnisation s'arrête au 90e jour, et le seul relais public est une pension d'invalidité, accordée lorsque la capacité de travail est réduite d'au moins deux tiers. Entre l'arrêt des indemnités de l'Assurance maladie et une éventuelle pension, il peut donc s'écouler une période longue sans aucun revenu de remplacement public. C'est le cas le plus tranché, et celui sur lequel les erreurs sont les plus fréquentes : beaucoup de contenus attribuent encore à la CIPAV ou à la CARMF des indemnités qui, pendant les trois premiers mois, sont versées par l'Assurance maladie.

4. Artisans, commerçants et gérants majoritaires : une durée limitée et un plafond bas

Pour les artisans, les commerçants et les gérants majoritaires d'une activité commerciale ou artisanale, c'est l'Assurance maladie qui verse les indemnités à partir du 4e jour. Trois caractéristiques structurent leur couverture.

Le plafond est à un PASS. L'indemnité maximale est donc égale au PASS divisé par 730. Un dirigeant qui gagne trois fois le PASS touche la même indemnité qu'un dirigeant qui gagne une fois le PASS : l'écart avec son revenu se creuse mécaniquement à mesure que celui-ci monte.

La durée est limitée. Les indépendants de cette catégorie sont indemnisés au maximum 360 jours sur trois ans, que ce soit en un seul arrêt ou en plusieurs. Les affections de longue durée relèvent de règles particulières, à vérifier auprès de la caisse.

Les accidents du travail et maladies professionnelles ne sont pas couverts par défaut. Un indépendant n'est protégé contre ce risque que s'il a souscrit une assurance volontaire. Un arrêt consécutif à un accident survenu sur le lieu de travail n'est donc, en pratique, pas mieux indemnisé que celui d'une maladie ordinaire, ce qui surprend les dirigeants qui assimilent « accident du travail » et « protection renforcée ».

5. Les dirigeants assimilés salariés

Le président de SAS ou de SASU, comme le gérant minoritaire, est affilié au régime général. Ses indemnités suivent donc les règles des salariés : 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des salaires bruts des trois mois précédents, retenus dans la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel, après trois jours de carence. L'accès aux indemnités suppose en outre un minimum d'heures travaillées ou de cotisations sur une période de référence.

Ce régime est souvent perçu comme plus protecteur parce qu'il est « salarié ». Il l'est moins qu'on ne le croit, pour une raison arithmétique : le plafond de 1,4 SMIC est bas par rapport à une rémunération de dirigeant. Un président qui se verse un salaire confortable est indemnisé sur une base tronquée, et la différence avec ce qu'il perçoit en temps normal est entièrement à sa charge, sauf prévoyance. Quant aux dividendes, qui ne sont pas des salaires, ils n'entrent pas dans le calcul de ces indemnités.

6. Ce que cela donne en euros : deux situations types

Pour que les ordres de grandeur parlent, voici deux situations simplifiées. Elles utilisent des chiffres ronds, un PASS supposé proche de 48 000 € et un mois de 30 jours ; les montants réels dépendent des plafonds en vigueur au jour de l'arrêt.

Un artisan, revenu d'activité moyen de 40 000 € par an. Le revenu est sous le plafond d'un PASS, l'indemnité est donc de 40 000 / 730, soit environ 54,80 € par jour, ou 1 640 € par mois. Son revenu mensuel moyen est de 3 333 €. Pour un arrêt de six mois (environ 180 jours), l'Assurance maladie verse 177 jours d'indemnités, soit environ 9 700 €, pour un revenu normal de 20 000 € sur la période : environ la moitié.

Un consultant affilié à la CIPAV, revenu d'activité moyen de 60 000 € par an. Le revenu est sous le plafond de trois PASS, l'indemnité est de 60 000 / 730, soit environ 82,20 € par jour, ou 2 470 € par mois, pour un revenu mensuel de 5 000 €. Pour un arrêt de six mois, l'Assurance maladie verse 87 jours, soit environ 7 150 €. Du 91e au 180e jour : zéro. Le total d'environ 7 150 € pour un revenu normal de 30 000 € représente un maintien d'environ 24 %, avec trois mois sans aucun revenu de remplacement public.

Deux enseignements. D'abord, le premier mois est déjà un écart : la moitié du revenu au mieux, et rien pendant trois jours. Ensuite, l'arrêt long est tout autre chose qu'un arrêt court. Pour un libéral sans relais de caisse, le vrai risque n'est pas l'arrêt de deux semaines, c'est celui de quatre mois.

7. Quand l'arrêt dure : invalidité et accidents du travail

Au-delà de l'incapacité temporaire vient la question de l'invalidité. Les indépendants affiliés à la Sécurité sociale des indépendants peuvent prétendre à une pension d'invalidité lorsque leur capacité de travail ou de gain est réduite d'au moins deux tiers, sous condition d'affiliation et de cotisations, et tant que l'âge légal de la retraite n'est pas atteint. La pension est répartie en trois catégories. Les deux premières correspondent à 30 % puis 50 % du revenu annuel moyen calculé sur les meilleures années, la troisième ajoutant une majoration pour assistance d'une tierce personne.

Chez les libéraux, la CIPAV prévoit une pension d'invalidité totale (taux de 100 %) ou partielle (entre 66 % et 99 %), dont la reconnaissance passe par une procédure de la Sécurité sociale. La pension totale est servie jusqu'à l'âge où la retraite pour inaptitude prend le relais.

Dans tous les cas, ce sont des régimes de base, qui ne visent pas à maintenir un niveau de vie ni à couvrir des échéances de crédit. Et leur instruction prend du temps, ce qui rend la durée de la franchise d'un contrat de prévoyance particulièrement importante (voir plus bas).

8. Combler l'écart : ce que doit couvrir une prévoyance

La prévoyance du dirigeant est un contrat d'assurance qui verse une indemnité journalière en cas d'arrêt, une rente en cas d'invalidité, et un capital ou une rente en cas de décès. Ce qui distingue un bon contrat d'un contrat qui déçoit tient moins au prix qu'à quelques clauses.

Partir du creux, pas du revenu. Le réflexe est de viser un pourcentage de son revenu. La méthode plus juste consiste à repérer la période où la couverture publique est la plus faible, puis à mesurer l'écart avec l'objectif de maintien que l'on se donne. Pour un libéral sans relais de caisse, c'est le 91e jour. Pour un artisan, c'est dès le premier jour indemnisé, puisque le plafond d'un PASS est atteint très vite.

Choisir la franchise en connaissance de cause. La franchise est le nombre de jours d'arrêt pendant lesquels le contrat ne verse rien. Une franchise courte coûte plus cher en prime. Pour un libéral, la Sécurité sociale prend déjà en charge les jours 4 à 90 : une franchise très courte chevauche donc en partie ce que l'Assurance maladie verse, alors qu'une franchise de 90 jours cible la zone la moins couverte. À chaque dirigeant de décider ce qu'il peut supporter en trésorerie, sachant que les trois premiers jours restent le plus souvent à sa charge, sauf franchise particulière prévue au contrat (accident, hospitalisation).

Vérifier la durée de versement. Une indemnité correctement calibrée mais versée trois ans seulement ne vaut pas une garantie qui court jusqu'à la retraite ou l'invalidité reconnue. Pour un libéral sans relais, la durée compte autant que le montant.

Lire la clause forfaitaire ou indemnitaire. C'est la clause qui pèse le plus sur le revenu réellement perçu, et elle est rarement lue.

Même en forfaitaire, la plupart des contrats prévoient une limite de cumul : le total ne peut dépasser le revenu habituel. Présenter une couverture supérieure à ce que l'on gagnait en travaillant relève de l'argument commercial, pas de la réalité contractuelle. Cette limite doit être lue dans les conditions générales, pas dans la plaquette.

Pour mesurer l'écart sur sa propre situation, un simulateur de revenu en arrêt maladie pour un TNS permet de séparer les deux phases d'indemnisation, d'appliquer la formule en 730e et de voir ce qui reste à combler selon son régime. Le résultat est indicatif : seule la caisse, à partir de vos revenus déclarés, confirme vos droits.

Les exclusions. Troubles dorsaux, psychiques, pratiques sportives : les définitions de l'incapacité et les exclusions varient d'un contrat à l'autre et pèsent autant que le tarif. Un contrat moins cher qui exclut les arrêts les plus fréquents n'est pas une bonne affaire.

9. La déduction Madelin : ce qu'elle fait et ce qu'elle ne fait pas

Les cotisations d'un contrat de prévoyance souscrit dans le cadre de la loi Madelin (article 154 bis du Code général des impôts) sont déductibles du bénéfice imposable des TNS soumis à un régime réel, et de la rémunération du gérant majoritaire, dans une limite fixée par la loi. Pour la prévoyance, ce plafond est égal à 7 % du PASS plus 3,75 % du bénéfice, dans la limite de 3 % de huit fois le PASS. Il s'apprécie en commun avec les garanties complémentaires santé et maternité du même dispositif.

Une illustration, avec un PASS arrondi à 48 000 € et un bénéfice de 60 000 €. 7 % du PASS représentent 3 360 €, et 3,75 % du bénéfice représentent 2 250 €, soit 5 610 € de cotisations déductibles. Le plafond absolu, 3 % de huit PASS, serait de 11 520 €, il n'est donc pas atteint. À une tranche marginale d'imposition de 30 %, 5 610 € de cotisations déduites représentent une économie d'impôt d'environ 1 680 €. Le PASS réel, plus précis, est revalorisé chaque année ; le mécanisme reste le même.

Trois précisions que l'on omet souvent :

• La déduction est fiscale, elle n'est pas sociale. Les primes des contrats Madelin ne sont pas déductibles de l'assiette des cotisations sociales : elles y sont réintégrées. Madelin allège l'impôt sur le revenu, pas les cotisations Urssaf.
• Symétriquement, les prestations sont imposables. Les indemnités journalières versées au titre d'un contrat Madelin sont imposables à l'impôt sur le revenu, et, lorsqu'elles sont servies à l'occasion d'une maladie sans lien avec une affection de longue durée, elles sont intégrées à l'assiette des cotisations sociales. Les rentes d'invalidité sont imposées comme des pensions et soumises à la CSG et à la CRDS. Il faut donc comparer le coût net d'impôt de la prime et le montant net d'impôt de la prestation, pas la prime brute et l'indemnité brute.
• Le dispositif est réservé à ceux qui ont un bénéfice à déduire. Les micro-entrepreneurs, dont le revenu est calculé par abattement forfaitaire, n'ont pas de bénéfice dont déduire des cotisations : ils peuvent souscrire une prévoyance, mais sans avantage fiscal.

10. Six erreurs fréquentes

Diviser le revenu par 365 au lieu de 730. L'erreur double l'indemnité calculée et fait croire à une protection qui n'existe pas.

Confondre la caisse et l'Assurance maladie. Pendant les 90 premiers jours, les indemnités des libéraux viennent de l'Assurance maladie, pas de la CIPAV ni de la CARMF. Une prévoyance dimensionnée sur la mauvaise période laisse un trou ou paie deux fois la même chose.

Afficher le plafond comme un montant courant. Le plafond d'un libéral suppose trois PASS de revenu. Presque personne n'y est.

Oublier le revenu de référence. La caisse regarde les trois dernières années civiles. Un exercice creux ou une première année d'activité peuvent faire baisser très durablement l'indemnité, ou la supprimer.

Choisir la prime la plus basse sans lire les clauses. Franchise, durée, exclusions, définition de l'incapacité et type de cumul pèsent plus que quelques euros de cotisation mensuelle.

Attendre pour souscrire. Les contrats de prévoyance reposent sur un questionnaire de santé et sur l'âge : on est assuré au moment où l'on est en bonne santé, pas au moment où l'on en a besoin.

11. Questions fréquentes

Qui verse les indemnités journalières à un indépendant en arrêt maladie ?
L'Assurance maladie, à partir du 4e jour, pour les artisans, commerçants et professions libérales. Pour les libéraux, ce versement s'arrête au 90e jour ; la caisse professionnelle peut ensuite prendre le relais (CARMF, CARPIMKO) ou non (CIPAV).

Comment sont calculées ces indemnités ?
À partir du revenu d'activité annuel moyen des trois dernières années civiles, divisé par 730, dans la limite d'un PASS (artisans et commerçants) ou de trois PASS (libéraux). Le diviseur de 730 revient à indemniser, au mieux, la moitié du revenu.

Combien de temps un artisan ou un commerçant est-il indemnisé ?
Au maximum 360 indemnités journalières sur trois ans, en un ou plusieurs arrêts ; les affections de longue durée relèvent de règles propres à vérifier auprès de la caisse.

Un gérant de SARL est-il indemnisé comme un salarié ?
Cela dépend de sa part dans le capital. Majoritaire, il est TNS et relève du régime des indépendants ; minoritaire ou égalitaire, il est assimilé salarié et suit les règles du régime général, avec un plafond de rémunération retenue plus bas.

Un accident du travail est-il mieux indemnisé pour un dirigeant ?
Pas pour un indépendant, qui n'est pas couvert par la branche accidents du travail et maladies professionnelles sauf assurance volontaire.

Les cotisations de prévoyance sont-elles déductibles ?
Dans le cadre de la loi Madelin, oui, du bénéfice imposable et dans une limite légale, pour les TNS à un régime réel. Cette déduction est fiscale : elle ne réduit pas l'assiette des cotisations sociales, et les prestations sont en contrepartie imposables.

Un micro-entrepreneur peut-il déduire sa prévoyance ?
Non : sans bénéfice réel, il n'y a rien à déduire. Il peut souscrire un contrat, sans avantage fiscal.

À retenir

Le niveau de couverture d'un dirigeant en arrêt maladie dépend moins du « statut de dirigeant » que d'une succession de règles techniques : une formule en 730e plafonnée, trois jours de carence, une ligne des 90 jours pour les libéraux, une durée limitée à 360 jours pour les artisans et commerçants, et un relais de caisse qui varie d'une profession à l'autre. Le bon réflexe consiste à identifier ce que verse réellement votre régime à chaque phase, à repérer le creux, puis à en faire le point de départ d'une prévoyance dimensionnée sur ce creux plutôt que sur le revenu.

Cet article est informatif et ne constitue pas un conseil personnalisé : les droits dépendent de votre caisse, de vos revenus déclarés et des clauses de votre contrat.

Sources : Ameli (indemnités journalières du professionnel libéral, de l'artisan/commerçant et du salarié) ; service-public.gouv.fr, Entreprendre (fiches F23890 et F38152) ; Code de la sécurité sociale, articles L131-6 et L136-3 ; Code général des impôts, article 154 bis ; CARMF ; CARPIMKO ; CIPAV ; Previssima.